Pod povrchem každého regionu se skrývají rozsáhlé kobky plné děsivých démonů, pokladů a hádanek navržených tak, aby prověřily i ty nejodvážnější hrdiny. Hráči mohou švihat mečem a nastavovat úhel seknutí pomocí intuitivního pohybového ovládání, které odpovídá jejich pohybům, nebo, vůbec poprvé, využít nově přidané ovládání pomocí klasických tlačítek.

Jako čerstvý absolvent Skyloft Knight Academy se Link vydává na cestu za záchranou své kamarádky z dětství Zeldy před samozvaným pánem démonů Ghirahimem. Jako průvodce i doprovod je pověřen Fi, duch Goddess Sword. Cestou se setkáte také s Linkovým rivalem Groosem a tajemnou bojovnicí jménem Impa. Link se může vznést do oblak na svém věrném Loftwingu a navštívit ostrovy na horizontu, poté se vrátit na bájný povrch a putovat lesy, pouštěmi, sopkami a dalšími místy.

Hra The Legend of Zelda: Skyward Sword HD obsahuje také různá vylepšení týkající se kvality herního prostředí, včetně zvýšené snímkové frekvence, automatického ukládání, a také vylepšení návodů pro hráče a celkového vedení během dobrodružství